Der Institutsrat ist das Aufsichtsorgan von Swissmedic. Er setzt sich aus höchstens sieben Mitgliedern zusammen und wird vom Bundesrat ernannt, der auch den Präsidenten oder die Präsidentin bestimmt. Drei Mitglieder können von den Kantonen vorgeschlagen werden. Die Dauer eines Mandats beträgt vier Jahre. Die Aufgaben des Institutsrats lehnen sich an diejenigen eines Verwaltungsrates einer Aktiengesellschaft an.
Gegenwärtig setzt sich der Institutsrat aus den folgenden Mitgliedern zusammen:
Präsident
Mitglieder
Chefarzt Kantonsspital Fribourg
Vorsteher des Gesundheitsdepartements Basel-Stadt
Direktor Institut für Gesundheitsrecht Neuenburg, Neuenburg
Statthalter von Appenzell Innerrhoden
Im Ruhestand; Chefärztin Intensivmedizin Erwachsene Universitätsspital Lausanne (CHUV)
Kantonsapotheker, Gesundheits- und Sozialdepartement, Kanton Tessin