I tre organi di Swissmedic sono il Consiglio dell'Istituto composto da 7 membri, il direttore e l'ufficio di revisione. I compiti del consiglio dell'Istituto sono analoghi a quelli di un consiglio d'amministrazione di una società anonima.
Il Consiglio dell'Istituto è composto dalle persone seguenti:
Presidente
Membri
Primario Ospedale cantonale di Friburgo
Responsabile del Dipartimento cantonale della sanità di Basilea Città
Secondo Vicelandamano del cantone di Appenzello Interno
In pensione; primaria nel reparto di medicina intensiva adulti CHUV (Centro ospedaliero universitario vodese)