Le conseil de l’institut est l’organe de surveillance de Swissmedic. Composé de sept membres au plus, il est nommé par le Conseil fédéral, qui en désigne également le président. Trois membres peuvent être proposés par les cantons. La durée des mandats est de quatre ans. Le Conseil de l'institut a des tâches analogues à celle d'un conseil d'administration d'une société anonyme.
Le Conseil de l'institut se compose des membres suivants:
Président
Membres
Médecin-chef à l’hôpital cantonal de Fribourg
Chef du Département de la santé du canton de Bâle-Ville
Directeur de l’Institut de droit de la santé de l’Université de Neuchâtel, Neuchâtel
Cheffe du Département de la santé et des affaires sociales du canton d’Appenzell Rhodes-Intérieures
Retraitée; médecin-cheffe dans le service de médecine intensive adulte du CHUV
Pharmacien cantonal, Département de la santé et des affaires sociales, canton du Tessin