Der Leistungsauftrag zwischen Swissmedic, Schweizerisches Heilmittelinstitut, und dem Bundesrat erstreckt sich über vier Jahre. Er legt die Ziele, die zu erbringenden Leistungen sowie die für die Leistungserbringung zur Verfügung stehenden Mittel fest. Der Leistungsauftrag 2007-2010 ist vom Bundesrat am 21. Dezember 2006 genehmigt worden. Es handelt sich um den zweiten Leistungsauftrag seit der Gründung von Swissmedic im Jahr 2002. Der Leistungsauftrag ist vollständig überarbeit worden. Er enthält neu einen Teil über die Eignerstrategie und eine Darstellung der Finanzierung nach einzelnen Produktgruppen.

Die Leistungsvereinbarung konkretisiert die im Leistungsauftrag vorgegebenen Ziele für jeweils ein Jahr. Sie ist Gegenstand eines Abkommens zwischen Swissmedic und dem Eidgenössischen Departement des Innern als Vertreterin der Eigentümerin (Bund).

Strategischer Plan Swissmedic
Der Strategische Plan der Swissmedic besteht aus dem Leitbild und den strategischen Zielen.

Das Leitbild - bestehend aus Mission, Vision, Werten und Verhalten - ist die Grundlage unserer Unternehmenskultur. Nach innen dient es als Richtschnur für unsere Einstellung und unser Handeln. Nach aussen macht es deutlich, was unsere Stakeholder von uns erwarten können und worauf sie zählen können. Das Leitbild gilt für uns alle, unabhängig von der Funktion, die wir ausüben.

Die strategischen Ziele zeigen den Weg auf, wie wir unsere Vision erreichen. Zur konkreten Umsetzung der strategischen Ziele werden Massnahmen definiert. Als Instrument dient die Balanced Score Card (BSC). Die Ziele werden aus unterschiedlichen Perspektiven formuliert: Gesellschaftlicher Auftrag (GA), Stakeholder (S), Finanzen (F), Prozesse (P) und Mitarbeitende (MA).
Der Strategische Plan ist eingebettet in eine Matrix von gesetzlichen Vorgaben (HMG/Verordnungen) und Vorgaben des Eigners: Leistungsauftrag 2007-2010 und Leistungsvereinbarung (jährlich).